南昌大学药学专业于2000年7月开始招生，当时挂靠于原江西医学院基础医学部，2002年12月成立江西医学院药学系，2005年8月药理教研室及临床药理教研室由基础医学部划归药学系，并随着学校合并更名为南昌大学药学系，2012年9月更名为南昌大学药学院，2016年7月开始招收临床药学专业本科生。

药学学科源于1984年获批的药理学硕士点，现拥有药学一级学科博士学位授权点、药学一级学科硕士学位授权点、药学专业学位授权点，药理学与毒理学进入ESI世界排名前6.29‰，已经形成了药理学、药物分析学、药剂学、药物化学、临床药学等特色方向。药学专业为国家一流本科专业建设点。

学院下设药理学、生物制药学、药物分析学、药物化学、生药学与药事管理学、药剂学、临床药理学等7个教研室、1个新药研发中心实验室、1个药学实验中心。学院拥有1个省级协同创新中心（江西省生物药物与生物技术协同创新中心），8个省部级重点实验室/工程中心（江西省临床药物代谢动力学重点实验室、江西省基础药理学重点实验室、江西省研究生教育创新基地、江西省药物靶点与新药筛选重点实验室、江西省转化医学重点实验室、转化医学江西省高校高水平工程技术研究中心、江西省单克隆抗体药物工程实验室、工信部重点实验室----3D打印实验室），其中江西省生物药物与生物技术协同创新中心项目、江西省药物靶点与新药筛选重点实验室、江西省单克隆抗体药物重点实验室为创新药物研发及高层次人才培养创造了良好的条件。《药理学》课程荣获江西省精品资源共享课程，《药理学》《药用植物学》《生药学》为省级精品在线开放课程。

现有教师68人，其中教授20人（含二级教授4人），副教授11人；国家级人才2人，教育部高等学校药学类专业教学指导委员会委员1人，全国优秀科技工作者1人，江西省井冈学者2人，江西省“双千计划”2人，江西省“新世纪百千万工程”人才5人，江西省“赣鄱英才555工程”人才3人，江西省高校中青年学科带头人4人，江西省高校中青年骨干教师3人，南昌大学赣江特聘教授5人、赣江青年学者9人，南昌大学香樟杰才1人、香樟英才1人、香樟育才1人。师资队伍中博士生导师23人、硕士生导师66人（含中科院上海药物研究所等单位的兼职导师）；博士学位教师占比67%，海外留学背景教师占比30%。

学院现有药学及临床药学两个本科专业。现有全日制本科生695人，研究生200余人。学院与美国哈佛大学医学院、波士顿大学医学院等国际知名高校及中科院上海药物研究所、中科院庐山植物园等多家单位在人才培养、科研等方面开展合作。

科研成果丰硕，近五年来，获得科研经费12709.17万元，其中纵向科研经费11609.17万元、专任教师年均纵向科研经费46.44万元；主持省部级及以上科研项目100余项（其中国家级项目50余项）；获得省部级及以上科研奖励7项，其中国家科技进步二等奖一项。发表SCI论文200余篇，获授权发明专利30余项。